Japonya Hava Yolları'nın merkezi Japonya'da bulunsa da, ülke içinde dört ana havaalanı merkezi vardır ve 30'dan fazla uluslararası destinasyona seyahat etmektedir. Bu destinasyonlar Kuzey Amerika, Avrupa, Okyanusya ve Asya'da bulunur. Asya'da başka bir ülkeye gitmek isteyenler, Çin, Hong Kong ve Güney Kore gibi yerler arasından seçim yapabilirler. Avrupa'ya gitmek isteyenler ise İtalya, Fransa ve Danimarka'ya uçabilirler.

Bu havayolu şirketiyle seyahat ederken, dört sınıf arasından seçim yapabilirsiniz: Economy Class, Premium Economy Class, Business Class ve First Class. Economy Class ve Premium Economy Class temel hizmetleri sunarken, Premium Economy koltukları daha geniştir ve ek bacak mesafesi sağlar. Business Class ile uçarsanız, ikiz yatağa dönüşebilen bir koltuk, gurme yemekler ve ücretsiz alkol içecekleri sunulur. First Class, özel bir uyku kapsülü ve uçuşunuzun kalkış saatini beklerken havayolu salonuna erişim gibi ek lüksleri içerir.

JAL, Cathay Pacific, American Airlines ve British Airways gibi şirketleri içeren bir havayolu birliği olan oneworld üyesidir. Ayrıca Fiji Airways, Air France, Iberia ve Qantas gibi birçok ek işletme ile kod paylaşım anlaşmaları yapmaktadır.

Bu havayolu şirketinin 150'den fazla uçağı bulunmaktadır ve çoğu uçaklar Boeing, Airbus veya Mitsubishi'dir. Şirket tarafından en sık kullanılan uçak Boeing 737-800'dür, orta menzilli uçuşlar için tasarlanmıştır ve yaklaşık 120 ila 145 yolcuya sığar. Daha büyük uluslararası uçuşlar için Boeing 777-300 daha yaygın olarak kullanılır, çünkü 500 kişiye kadar sığabilir.